▼120番道路
橋でダイゴと会う。 カクレオンLv30とバトル
バトル終了後、デボンスコープをもらう。
▼ヒワマキシティ
ジムリーダーナギを倒す。
▼送り火山
山頂で○○○団リーダーとバトル。
リーダーが紅色or紺色の玉を持って逃げる。
山頂の老夫婦に紺色or紅色の玉をもらう。
▼ミナモシティ
ミナモデパート前でオダマキ博士の子供とバトル。
デパートに入れるようになる。
▼カイナシティ
船のりばでクスノキさんがインタビューを受けている。
話すとインタビュアーが解散。クスノキと共に船乗り場へ。
○○○団が潜水艦を奪って逃げていく。
▼○○○団アジト
最深部で幹部とバトル。
リーダー達は奪った潜水艦で海底洞窟へ。
(マスターボールの取り忘れに注意)
▼トクサネシティ
ダイゴの家でダイゴから｢秘伝7：ダイビング｣をもらう。
ジムリーダーのフウとランを倒す。
▼127番水道
▼128番水道
ダイビング
▼海底洞窟
パズルを解いて奥へ。
最深部にカイオーガ(グラードン)が眠っている。(見るだけ)
○○○団リーダーと最後のバトル。
カイオーガ(グラードン)が目覚め、異常気象が起こる。
▼126番水道
ダイビング
▼ルネシティ
目覚めの祠へ。
▼目覚めの祠
最深部でカイオーガ(グラードン)とバトル。
▼ルネシティ
ジムへ。
ジムリーダーミクリを倒す。
▼サイユウシティ
たきのぼり
▼チャンピオンロード
出口付近でミツルとバトル。
▼サイユウシティ
(ポケモンリーグ側)
四天王＆チャンピオンとバトル。
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エンディング
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｢ポケットモンスター｣はこれで終わらない！！